En "La Cañada" falta de todo: las comunicaciones son malas; no existen servicios sanitarios; falta una escuela pública y energía eléctrica. La ayuda del sacerdote era para estos campesinos una de las pocas riquezas de las que todavía se podían sentir orgullosos.

El religioso se escondió en una cueva de la montaña. En los momentos en los que preveía la ausencia de los federales bajaba a su pueblo para celebrar la Eucaristía y administrar los sacramentos. Pero una mañana, después de haber sobrellevado esta terrible vida durante 14 meses, se cruzó con un destacamento de soldados. Él siguió su camino como si nada sucediera. No se dio cuenta que por debajo de sus andrajos de campesinos se podía ver el hábito que utilizaba en su ministerio.

Los soldados le detuvieron inmediatamente y le sometieron a un interrogatorio que fue muy breve, pues el padre Elías confesó inmediatamente su crimen: ser sacerdote. Le llevaron a La Cañada, donde la población recibió con terror la noticia. Uno de los campesinos parroquianos comenzó a tratar con el ejército su liberación. Estaban dispuestos a aceptar cualquier condición. Pero el padre Elías se negó rotundamente.

Mientras estaba en prisión, aprovechó para hablar sobre las grandes preguntas de la existencia humana con dos oficiales. Uno de ellos había manifestado en público su deseo de comer «cueritos de cura».

La mañana del 10 de marzo de 1928, militares y prisioneros se pusieron en camino en dirección del pequeño centro urbano de Cortázar, del que dependía La Cañada. En la primera etapa, el capitán, frente al pelotón, dio la orden de fusilar a los dos acompañantes del padre, quienes después de haberse confesado con él, murieron gritando «¡Viva Cristo Rey!».

En la etapa sucesiva, a los pies de un frondoso árbol, cuando ya quedaba poco para llegar a Cortázar, el capitán se dirigió hacia el padre Elías diciéndole: «Ahora le toca a usted. Vamos a ver si morir es como decir Misa». El religioso respondió: «Has dicho la verdad, pues morir por la religión es un sacrificio grato a Dios». Pidió un momento de recogimiento y después entregó su reloj al capitán, dio la bendición a los soldados que se arrodillaron para recibirla, y comenzó a rezar el acto de fe mientras al fondo se escuchaba el ruido de las armas que se preparaban para disparar. Sus últimas palabras también fueron: «¡Viva Cristo Rey!».

Fue beatificado por el Papa Juan Pablo II el 12 de octubre de 1997.

Sin embargo, en 1898 todas las enfermeras decidieron abandonarla a ella y a los otros enfermos. Esto no fue ocasión de desaliento sino que ésta como otras circunstancias la empujaron a fundar la congregación religiosa de las "Siervas de los Pobres". Doce años después, la madre Vicenta y su congregación intensificaron su labor de asistencia cuando unos violentos terremotos azotaron la localidad de Zapotlán el Grande donde se encuentra el Hospital de San Vicente.

La madre Vicenta sufrió de la persecución religiosa que estalló en México en 1926. La obligaron a cerrar la capilla de la casa generalicia de la congregación. Sin embargo, a escondidas la religiosa continúo su labor de ayuda a los más necesitados hasta el año 1949 en que falleció, víctima de un síncope cardiaco.

La madre Vicenta Chávez realizó el milagro necesario para su beatificación que se celebró el 9 de noviembre de 1997. Se trata de a un niño a quien le iban a amputar una pierna. Su postulador cuenta que "la madre del niño invocó a la madre Vicenta y milagrosamente le salvaron la pierna, a pesar de que estaba infectada de gangrena".